CAPFITOGEN v2.0 (obsoleta)

Herramientas CAPFITOGEN disponibles mediante descarga online

Cualquier técnico interesado en usar las herramientas CAPFITOGEN, puede descargar las dos últimas versiones desde el servicio de Google Drive. Posteriormente será posible descargarlas mediante clientes FTP.

Las mejoras o adiciones de herramientas de las versiones actualmente disponibles (1.2 y 2.0) respecto a la versión 1.0 (lanzada en Marzo de 2013) son:

Sistema facilitado de instalación
La versión 1.2 sólo incluye las siguientes siete herramientas con clara vocación de apoyo a la conservación ex situ (incluidas también en la versión 2.0):

TesTable: Detecta y opcionalmente corrige los errores y problemas presentes en las tablas que el usuario introduce en los análisis
GEOQUAL: Realiza una evaluación de la calidad de la georreferenciación de los datos de pasaporte (sitios de recolección).
ELC mapas: Permite obtener mapas de caracterización ecogeográfica del terreno (ELC en sus siglas en inglés) que reflejan escenarios adaptativos para una especie y país o región determinada.
Representa: Permite hacer un análisis de representatividad ecogeográfica de una especie dentro de una colección de germoplasma.
ECOGEO: Hace una caracterización ecogeográfica de los sitios de recolección del germoplasma, El usuario puede trabajar con más de cien variables disponibles.
DIV mapas: Permite la obtención de mapas de diversidad ecogeográfica, fenotípica y/o genotípica, obtenidos mediante la determinación de distancias ecogeográficas, fenotípicas o genotípicas promediadas por vecindades geográficas.
ColNucleo: Permite la obtención de colecciones núcleo/nucleares de tipo ecogeográficas a partir de mapas ELC.
FIGS_R: Permite la obtención de subcolecciones FIGS (Focused Identification Germplasm Strategy) con o sin balanceo ecogeográfico a partir de mapas ELC por el método de filtración.

La versión 2.0 incluye ademas las siguientes herramientas auxiliares:
1. SelecVar: Permite obtener cuatro tipos de análisis (Random forest, clustvarsel, correlaciones bivariadas y análisis de componentes principales) que pueden apoyar el proceso de selección objetivo (sin intervención de expertos) de variables ecogeográficas para la construcción de mapas ELC o la obtención de modelos de distribución de especies (herramienta Modela).
2. rLayer: Crea un nuevo conjunto de capas ecogeográficas (para 105 variables disponibles) para áreas cuya dimensión puede exceder la de un país, a partir del recorte del conjunto de capas mundiales (es decir, el producto son capas con una resolución de 10×10 o 20×20 km). Las dimensiones del nuevo conjunto cubrirá toda el área definida por los sitios de recolección que el usuario ingresa en sus datos de pasaporte.
3. Bfuture: Adapta un conjunto de capas bioclimáticas (temperatura y precipitación) proyectadas a futuro (19 modelos globales climáticos, dos escenarios de emisiones de gases invernadero, dos periodos de proyección: 2050 y 2070), para ser usadas por la herramienta Modela. Las capas originales provienen de worldclim, y deben ser descargadas previamente u opcionalmente mientras se ejecuta la herramienta.Disponible a partir del 12/10/2015
4. Wclim2: Esta herramienta permite la utilización de el nuevo conjunto de datos Worldclim (versión 2.0), el cual además de las 19 variables bioclimáticas, las temperaturas medias, mínimas y máximas mensuales y precipitaciones totales mensuales, contiene nuevas variables como presión de vapor mensual (que aparecerá en el componente bioclimático), velocidad de viento mensual y radiación solar mensual (que aparecerán en el componente geofísico). Disponible a partir del 02/11/2017.
Finalmente la versión 2.0 incluirá las nuevas herramientas CAPFITOGEN para la conservación in situ:
1. Complementa: Permite obtener análisis de complementariedad (Rebelo) por celdas y por áreas protegidas y análisis de cobertura (disponible a partir de 30/03/2015).
2. SelecVIF (versión beta): Permite obtener valores del Factor de Inflación de Varianza (VIF en inglés), el cual indica problemas de multicolinealidad en conjuntos de variables ecogeográficas destinadas a la modelización de distribuciones de especies. SelecVIF permite también realizar procedimiento de filtrado de variables hasta obtener un conjunto de ellas con un valor de VIF por debajo de un umbral establecido por el usuario (disponible a partir de 02/10/2017). Pendiente de manual de instrucciones.
3. Modela: Obtención de modelos de distribución de especies (SDM en inglés, hasta 12 algoritmos diferentes) para condiciones climáticas de presente y proyectadas a futuro (escenarios de cambio climático), para datos de presencia/ausencia o de sólo presencia (con cuatro métodos diferentes de generación de pseudo ausencias), evaluación por cerca de 10 parámetros diferentes y la posibilidad de ensamblar predicciones. Adicionalmente Modela permite la determinación de subcolecciones FIGS por el método de modelización (disponible a partir del 12/10/2015).
4. Mcompare: Realiza comparaciones de las predicciones de modelos de distribución (provenientes de Modela) para condiciones de presente y futuro, determinando amenazas u oportunidades para la especie objetivo ante un cambio climático (disponible a partir del 12/10/2015).
5. Tzones (versión beta): Esta herramienta permite proyectar mapas de Caraterización Ecogeográfica del Territorio (ELC) obtenidos con variables bioclimáticas de presente (1950-2050) en mapas ELC de futuro bajo escenarios de cambio climático, manteniendo correspondencia entre las categorías de los mapas de presente y futuro. Para ello, la herramienta usa una técnica de modelación (Random Forest) y variables bioclimáticas proyectadas a futuro bajo escenarios de cambio climático. También permite realziar análisis de zonas de transferencia de germoplasma, primero detectando aquellas poblaciones bajo amenaza debido a que sus categorías ELC cambian a futuro y luego identificando posibles poblaciones fuentes de germoplasma para realizar reintroducciones en caso de extinción (disponible a partir de 06/10/2017). Pendiente de manual de instrucciones.
Las herramientas están disponibles para más de 160 países, dos regiones (Mesoamérica y Suramérica), un continente (Europa) y a escala global.
Se incluye un manual de usuario unificado (con capítulos por herramienta) en español, portugués o inglés, con contenidos mucho más completos.

Recuerde que las herramientas CAPFITOGEN funcionan sobre el sistema operativo Windows, al ser éste el más común entre técnicos de Latinoamérica.

Al tratarse de archivos de considerable volumen de bytes a ser descargados, es importante disponer de un acceso a internet de alta velocidad o de suficiente tiempo de conexión para completar la descarga. Esperamos que a partir de este procedimiento de descarga desde internet, el proceso de distribución se agilice y podamos llegar a países, programas, centros y/o universidades mucho más rápido que por medio de la distribución por memorias USB vía correo postal, el cual nos reservaremos para usuarios que no tengan posibilidad de acceso a la red.

Las instrucciones de descarga y ensamblaje de las herramientas son las siguientes:

1. Asegúrese que dispone de un software de compresión de archivos ALZip, u otro software similar que pueda descomprimir archivos en formato .alz. Instaladores del software ALZip se pueden descargar desde la siguiente dirección:

http://www.altools.com/ALTools/ALZip.aspx

(cuando termine la instalación de ALZip, use la opción «trial version» para que su uso sea gratuito).

2. Diríjase al siguiente sitio web para descargar el cuerpo principal de las herramientas (no hace falta iniciar ninguna sesión en Google para realizar la descarga)

Versión 2.0 (a pesar que en la ventana de instalación diga versión 1.2, la cual es obsoleta):

https://goo.gl/vsbVMZ

(actualizado a 07/12/2017)

Estos archivos ocupan alrededor de 2.6 Gb cada uno, lo que puede hacer difícil su descarga por el tiempo que puede tardar, especialmente en sitios con conexiones de internet lentas. Por ello se ha puesto a disposición una versión más ligera del cuerpo principal de las herramientas, que sólo ocupa alrededor de 500 Mb pero que excluye en su contenido la herramienta GEOQUAL. Las versiones ligeras se pueden descargar desde el siguiente link:

versión 2.0

https://goo.gl/Xa6QsB

(actualizado a 07/12/2017)

Si su instalador es de antes de Mayo de 2015 y la instalación de java no ha sido exitosa (ver manual de usuario capítulo 2, sección i), deberá descargar el siguiente archivo zip y proceder según el manual de usuario lo indica:

https://goo.gl/Z8aSVD

3. Descargue el cuerpo central de las herramientas en su disco duro o cualquier unidad de disco con espacio suficiente, que corresponde al archivo comprimido CAPFITOGEN.alz (versión completa de 2.6 Gb) o CAPFITOGEN.zip (versión ligera de 731 Mb). Por favor, tenga en cuenta que los archivos CAPFITOGEN.zip, CAPFITOGEN2.zip, CAPFITOGEN.alz o CAPFITOGEN2.alz descomprimidos pueden ocupar entre 0.9 y 5.6 Gb. Para realizar el proceso de descarga en Google drive, haga click sobre el menú «Archivo» y luego haga click sobre la opción «Descargar». Algunas veces se puede abrir una ventana de descarga adicional que anuncia que no puede revisar con antivirus el archivo a descargar por su tamaño, en este caso haga click en «Descargar de todos modos».

4. Diríjase al siguiente sitio web para seleccionar y descargar el archivo .alz correspondiente al país o región que se desea analizar:

https://drive.google.com/folderview?id=0B-4W7NMFAn9cWjZRM0UxUmlBUWM&usp=sharing

(actualizado a 02/04/2014)

Busque el nombre del país o área que desea trabajar. Una vez lo encuentre, descargue el archivo .alz correspondiente. Al hacer click sobre la carpeta con el nombre del país o región, se mostrará una capa negra con el aviso «Lo sentimos. La vista previa no está disponible», haga click en el botón de color azul «Descargar».

Puede descargar tantos archivos de países o regiones como su unidad de disco lo permita. Tenga en mente que estos archivos se tendrán que descomprimir, y para casos de países de mayor superficie, se puede llegar a requerir un espacio de hasta 10 Gb para alojar los contenidos descomprimidos.

Recuerde que si desea utilizar la herramienta rLayer, debe descargar el conjunto «world» y proceder como indica el punto 6 abajo, independientemente de que desee trabajar con otras áreas correspondientes a países.

Las capas de información de tipo bioclimática incluidas en los conjuntos ya preparados por país o región corresponden a Worldclim 1.4. Si desea utilizar capas de información de Worldclim 2 (que no son de libre distribución, en comparación con Worldclim 1 que si lo es), debe dirigirse a http://www.worldclim.org y descargarlas. La herramienta Wclim2 le permitirá adecuar la información descargada de Worldclim2 para que pueda funcionar, como las demás capas, con las herramientas CAPFITOGEN. Wclim2 también le puede gestionar la descarga de la información de Worldclim2, pero para ello requiere tener acceso a internet (idealmente banda ancha).

5. Descomprima el archivo (descargado en el paso 3) CAPFITOGEN.alz o CAPFITOGEN2.alz en la raíz de una unidad de disco (por ejemplo C:\). La unidad de disco debe contar con un espacio disponible alrededor de 8 Gb.

Nota: puede que requiera aun más espacio, dependiendo de los países o áreas que desee trabajar con las herramientas. Si eligió la raíz del disco C:\ para ubicar el cuerpo de las herramientas, la descompresión debe generar una carpeta llamada CAPFITOGEN2, si no lo hace, por favor, cree manualmente esta carpeta de tal manera que la ruta para llegar al cuerpo de las herramientas siempre quede así:

C:\CAPFITOGEN2

Si entra en esta carpeta, debe encontrar varias carpetas y archivos, que componen el cuerpo central de las herramientas.

6. Descomprima el contenido de los archivos para país o región descargados (paso 4) en la carpeta «rdatamaps» que encontrará dentro de la carpeta «CAPFITOGEN2» que se generó al descomprimir el cuerpo central de las herramientas (paso 5).

Para algunas herramientas para apoyar decisiones en conservación in situ como Complementa, es necesario descargar los polígonos que representan áreas protegidas de la base de datos mundial de áreas protegidas (WDPA en sus siglas en inglés). Estos polígonos están empaquetados en archivos con la extensión .RData con el nombre de cada país o región a analizar. El usuario debe descargar el archivo de su elección desde el siguiente link:

http://goo.gl/2SWnvg

(actualizado a 30/03/2015)

Una vez descargados estos archivos .RData, deben localizarse (copiar y pegar) en la carpeta «wdpa»

7. Cerciórese que la información quedó correctamente ubicada. Si por ejemplo, se descomprimió el cuerpo central de las herramientas en C:\ y el país seleccionado para ser trabajado fue Argentina, la ruta resultante de la descompresión del paso 6 debería ser:

C:\CAPFITOGEN2\rdatamaps\argentina

Si hace click sobre la carpeta «argenitna», debe encontrar dos carpetas («1×1» y «5×5»), que en forma de ruta se verían de la siguiente manera:

C:\CAPFITOGEN2\rdatamaps\argentina\1×1 y

C:\CAPFITOGEN2\rdatamaps\argentina\5×5

8. Ya puede proceder a la instalación de las herramientas haciendo click sobre el archivo CAPFITOGEN.exe.

ATENCIÓN: Si usted ya había instalado previamente la versión 1.2 y ahora desea instalar la versión 2.0, debe cerrar todas las ventanas que puedan estar relacionadas con la utilización de las herramientas, y posteriormente eliminar la carpeta llamada «rwin» que encontrará en su disco duro (usualmente C:/). Finalmente ya puede hacer doble click sobre el archivo CAPFITOGEN.exe.

Siga las instrucciones de instalación que se encuentran en el manual a su disposición (HerramientasCAPFITOGEN.pdf) dentro del conjunto de archivos y carpetas de las herramientas o que se puede descargar directamente desde la ubicación:

Portada del nuevo manual de las herramientas CAPFITOGEN versión 2.0

https://goo.gl/ZekV5l

(actualizado a 19/01/2016)

9. Si Ud. ya ha descargado e instalado previamente las herramientas (desde Marzo de 2016) y desea hacer sólo una actualización, no es necesario que descargue todo el cuerpo central de las herramientas, simplemente descargue el archivo «x86.zip» desde el siguiente link:

versión 2.0

https://goo.gl/znJwK2

(última actualización 12/07/2017) Esta actualización de la carpeta x86 es válida para versiones lanzadas después del 2 de Noviembre de 2017.

Una vez descargado debe descomprimir el archivo en alguna carpeta temporalmente. El resultado será una carpeta llamada «x86» que reemplazará a la de mismo nombre que se encuentra en su instalación de las herramientas, dentro de la carpeta «CAPFITOGEN» o «CAPFITOGEN2». Una vez hecha la sustitución, ya puede utilizar normalmente las herramientas. Para realizar la sustitución se recomienda eliminar primero la carpeta x86 de la ruta CAPFITOGEN\x86 o CAPFITOGEN2\x86 (según sea su versión) y luego pegar la carpeta «x86» fruto de la descompresión.

Comparado con la descarga del cuerpo central de las herramientas, la descarga del archivo «x86.zip» es mucho más rápida ya que éste último es sólo un 5% (95 Mb) aproximadamente del tamaño de «CAPFITOGEN.alz» o «CAPFITOGEN2.alz».

ATENCIÓN: Los usuarios de la versión 1.2 NO deben reemplazar su carpeta «x86» con la indicada para la versión 2.0. Para actualizar su versión de 1.2 a 2.0 debe repetir el proceso de instalación usando la descompresión del archivo «CAPFITOGEN2.alz» como se describe en el punto 8, eliminando previamente la carpeta «rwin» de su disco duro (usualmente C:/).

10. Si desea utilizar modelos MaxEnt dentro de la herramienta Modela, deberá antes descargar el archivo «maxent.jar» desde

https://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/

Siga las instrucciones del manual de usuario para instalar MaxEnt en sus herramientas CAPFITOGEN.

CAPFITOGEN v2.0 (obsoleta)

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