CAPFITOGEN3 modo local

Bienvenido a CAPFITOGEN3 modo local

Esta es la versión más reciente, modo local, lo que significa que el usuario deberá descargar e instalar software, carpetas y archivos en su PC y así analizar su información de manera local. Sólo se requerirá conexión a internet para la descarga de los instaladores de software y conjuntos de datos preparados para esta versión. El modo local sólo se ha probado funcionando sobre el sistema operativo Windows, pero podría funcionar en otros sistemas siempre que se descarguen los instaladores de software apropiados para dichas versiones. A diferencia de la versión 2.0, CAPFITOGEN3 modo local no usa una interfaz en forma de formulario web, dado que la instalación y funcionamiento del mecanismo de servidor virtual conectando la interfaz con R ha dado problemas para algunos usuarios. La nueva versión expone los scripts (líneas de programación) a los usuarios, quienes podrán configurar y ejecutar las herramientas sin necesidad de conocimientos previos sobre R y su lenguaje. Esto se logra con un script donde el usuario configura cada parámetro (como antes lo hacía en el formulario) hasta que produce todos los objetos que el script de la herramienta correspondiente va a usar para ejecutar las funciones y producir los resultados esperados. Si desea información más detallada sobre cómo usar CAPFITOGEN3 modo local, aquí puede descargar un texto explicativo.

Pasos para instalar CAPFITOGEN3 modo local

En resumen, el  usuario debe descargar un conjunto de carpetas y archivos necesarios para la ejecución de las herramientas, el núcleo de CAPFITOGEN3 que son los scripts, y los instaladores de R y Rstudio. Puede usar la última versión de R  (https://cran.r-project.org/bin/windows/base/) y RStudio desktop (versión gratuita):  https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download. Sin embargo, tenga precaución ya que algunos paquetes de R que requieren las herramientas CAPFITOGEN3 se intentarán instalar (en caso de que no estén instalados) en el momento de usar cada herramienta y es posible que la versión más reciente de R no sea compatible con paquetes antiguos.

Una vez instale estos programas, puede descargar el conjunto de carpetas y archivos para instalar localmente en su PC desde aquí. (Última actualización 30/07/2024)

Descargará un archivo llamado «CAPFITOGEN3.zip» (6.1 Gb). Al descomprimirlo en una ruta de su disco duro (se recomienda que lo haga directamente en la raíz del disco), obtendrá una carpeta llamada «CAPFITOGEN3» y dentro de ella todo el conjunto de carpetas y archivos necesarios para ejecutar las herramientas.

Finalmente descargue el archivo «scripts.zip» (1 Mb) desde aquí,  (Última actualización 30/07/2024). Cuando los utilice en RStudio, note que los scripts CAPFITOGEN3 están codificados en UTF-8 y RStudio por defecto los intentará abrir como si estuvieran codificados en ISO-8859-1. Para que no tener problemas para visualizarlos, abra cualquier script CAPFITOGEN3 en RStudio (si RStudio está configurado para abrir scripts por defecto en ISO-8859-1, no se visualizará ni una sola línea del mismo). Posteriormente vaya a la opción «File – Reopen with Encoding…» y en la venta de los codificadores seleccione «UTF-8» , seleccione la opción «Set as default encoding for source files» y finalmente click en botón «OK». Inmediatamente deberá aparecer el script con todas sus líneas y en adelante cualquiera de los scripts CAPFITOGEN3 podrá ser visualizado.

Al descomprimir este archivo, encontrará allí las carpetas con los scripts de parámetros (español e inglés) y los scripts de herramientas. Las carpetas de los scripts se pueden ubicar donde el usuario desee, y ya con solo hacer doble click sobre alguno de los scripts allí guardados (identificados con el nombre de cada herramienta), puede iniciar el proceso de ajuste de parámetros y ejecución de la herramienta. Para más detalles sobre cómo utilizar CAPFITOGEN3 modo local en RStudio, descargue este documento.

Indicación para scripts a partir de 2024

Si Ud. descarga y usa la versión de las herramientas CAPFITOGEN3 y sus scripts del 2024 en adelante, no requiere usar versiones antiguas de R, simplemente puede usar la versión que esté actualmente en circulación a cualquiera a partir de R 4.x.x.

Indicación para scripts anteriores a 2024. Para trabajar con versión de R 4.2.2 y 3.6.3

Si desea, puede trabajar con la versión de R mas recientemente liberada (lo más recomendado siempre que use las versiones más modernas de los scripts). También puede usar la versión anterior 3.6.3 en caso de que algunas herramientas no funcionen correctamente, y para ello se debe descargar el conjunto de paquetes para R que requieren los scripts de las herramientas. Para ello descargue desde aquí el archivo «library_forR3.6.3.zip» (162 Mb). (Última actualización 17/01/2022)

Luego de descomprimirlo, obtendrá una carpeta llamada «library», la cual debe reemplazar otra carpeta llamada de igual forma, y que está en el sitio donde instaló R (que en el SO Windows suele estar en la ruta C:\Program Files\R\R-3.6.3). Para reemplazarla, primero elimine la carpeta «library» de su instalación original de R, y luego copie y pegue allí la carpeta «library» que descargó. Entonces, la ruta que lleva al folder library será: …\Program Files\R\R-3.6.3\library, y para encontrar, por ejemplo, el folder que contiene los archivos necesarios para la ejecución de un paquete como ‘ade4’ la ruta será: …\Program Files\R\R-3.6.3\library\ade4. Por favor revise que las ubicaciones previamente señaladas cumplen con lo esperado antes de continuar.

Finalmente, para esta versión de R 3.6.3, debe usar los scripts que se descargan desde aquí: https://drive.google.com/file/d/1mgVx-j5EScF7FYj_3huNcSxmajH8Tv4F/view?usp=sharing. Estos scripts no intentarán instalar los paquetes requeridos que no se detecten como ya instalados, por ello es clave que se realicen los pasos de instalación masiva de paquetes para R 3.6.3 arriba descritos.

Para visualizar resultados de CAPFITOGEN3

Para ver los resultados en forma de tabla, la recomendación es el software de uso libre para hojas de cálculo y texto. Para la visualización de resultados tipo mapas ráster o vectorial de las herramientas CAPFITOGEN3, recomendamos el software Q GIS. Este software se puede descargar desde https://www.qgis.org/es/site/forusers/download.html.